A 5 de Dezembro de 1496, o rei D. Manuel I assinou o decreto de expulsão dos hereges de Portugal

O grande abalo na vida dos judeus tem início quando D. Manuel I, contrata casamento com Dª Isabel, princesa de Espanha. Fazia parte do contrato nupcial uma cláusula que exigia a expulsão dos "hereges" (mouros e judeus), de todo o território português. O rei viu-se diante de sério dilema pois não queria perder a riqueza e os talentos judaico, que tanto benefício trazia a Portugal. Às vésperas do casamento, assina o decreto que prevê, em um prazo de dez meses, a expulsão dos "hereges" de Portugal.
Para os judeus, restava uma única alternativa, a conversão ao cristianismo. O rei tinha esperanças que muitos se batizassem, ainda que apenas "pro forma". Mas a maioria dos judeus, que fugira da Espanha justamente para não abandonar sua fé, decide então, abandonar Portugal. O rei, no entanto, diante dessa possibilidade de grande evasão de capital do país junto com a população judaica, publica um novo decreto proibindo sua partida de Portugal e forçando-os a se converterem. Em outubro de 1497, os que ainda não o haviam feito, foram brutalmente arrastados à pia batismal.
A grande maioria, porém, continuou a praticar o judaísmo em segredo. D. Manuel tentou, em vão, promover a integração da massa de conversos à população de cristãos-velhos. Os cristãos-novos, como eram também chamados, continuavam a ser identificados pelos demais como judeus.