A 9 de Novembro de 1795 iniciam-se as obras do Palácio da Ajuda

A urgência da construção de um novo Palácio e o facto da Família Real ter sobrevivido ao cataclismo por se encontrar na zona de baixa sismicidade de Belém/Ajuda, justificou a escolha do local. O novo Paço, habitável desde 1761, veio a ser a residência da Corte durante cerca de três décadas. Em 1794, no reinado de D. Maria I (1734-1816), um incêndio destruiu por completo esta habitação real e grande parte do seu valioso recheio.
Coube a Manuel Caetano de Sousa, Arquitecto das Obras Públicas, a tarefa de projectar um novo palácio de pedra e cal, que foi traçado ainda de acordo com as tendências arquitectónicas do Barroco. Este projecto, iniciado em 1795 sob a regência do príncipe real D. João, foi suspenso decorridos cinco anos de construção, quando, em 1802, Francisco Xavier Fabri e José da Costa e Silva, arquitectos formados em Itália, foram encarregues de o adaptar à nova corrente neoclássica. Esta tarefa, continuada mais tarde por António Francisco Rosa, responsável pelo traçado de "redução" do projecto, nunca veio a ser concretizada integralmente.
Partida da Corte para o Brasil em 1807
Factores de natureza diversa foram imprimindo um ritmo descontinuado ao decorrer da obra do edifício, nomeadamente a partida da Corte para o Brasil, em 1807, na sequência das invasões napoleónicas, e a falta periódica de recursos financeiros. Nela trabalhavam os melhores artistas do reino: Domingos Sequeira, Arcângelo Foschini, Cirilo Wolkmar Machado, Joaquim Machado de Castro e João José de Aguiar, dedicados essencialmente às decorações pictóricas e escultóricas.
Quando, em 1821, a Corte regressou do Brasil, o Palácio permanecia inacabado, sendo nele realizadas apenas cerimónias protocolares. Em 1826, após a morte de D. João VI (1767-1826), estando as alas nascente e sul já habitáveis, a infanta regente D. Isabel Maria (1801-1876) e duas das suas irmãs escolheram-no para sua residência.

D. Miguel viveu no Real Paço da Ajuda
Dois anos depois, o rei D. Miguel (1802-1866) também elegeu a Ajuda para morar e muito impulsionou a prossecução das obras. Para permitir a continuidade dos trabalhos, ao fim de seis meses o rei mudou-se para o Palácio das Necessidades e nunca chegou a voltar. Os confrontos entre liberais e absolutistas mergulharam o país numa frágil estabilidade e, em 1833, a construção paralisou por completo, para não mais ser retomada nos moldes projectados. Após a vitória liberal, D. Pedro assumiu o Governo como regente, na menoridade da filha, D. Maria da Glória, e jurou a Carta Constitucional na Sala do Trono do Paço da Ajuda, em 1834.
Ao longo do reinado de D. Maria II (1819-1853) e do curto reinado de D. Pedro V (1837-1861), que fixaram residência nas Necessidades, o Paço da Ajuda assumiu um plano secundário.